Les champignons sont des eucaryotes pluricellulaires ou unicellulaires. Le terme champignon est devenu ambigu car il désigne un taxon obsolète. Ce terme englobe à la fois les Fungi (ou Mycota), les Oomycota, les Chytridiomycota et les Mycetozoa. Leurs cellules, pourvues d'une paroi chitineuse ou cellulosique, sont immobiles et se nourrissent par l’absorption des molécules organiques directement dans le milieu. La cellule ou les cellules sont dépourvues de chlorophylles et/ou de plastes car ces organismes sont hétérotrophes vis-à-vis du carbone. Leur appareil végétatif est un thalle : ce sont donc des thallophytes. L'étude de ces champignons (la mycologie) est pratiquée par des mycologues.

Tous les champignons vrais appartiennent au groupe des Eumycètes et se répartissent au sein des Basidiomycètes, comme les amanites ou, pour quelques-uns, parmi les Ascomycètes, à l'exemple des morilles ou des truffes. Deux groupes sont communément appelés « champignons » mais n'en sont pas au sens strict du terme : les oomycètes (plus proches génétiquement des algues brunes) et les myxomycètes.

Apparus vers 450 millions d'années au Silurien, ils ont colonisé presque tous les milieux terrestres et même aquatiques (en eaux douce, saumâtre et même marine (1500 espèces au moins, qui ont un rôle écologique important ; via des symbioses avec des algues parfois). Les premiers champignons mycorhiziens de type gloméromycètes ont vraisemblablement aidé les premières plantes terrestres à coloniser les terres émergées.

Ce qu'on appelle couramment champignon n'est en fait que la « fructification » temporaire et visible, le sporophore (autrefois appelé carpophore), d'un organisme à caractère plus durable et plus discret, le macromycète, dont la structure habituellement filamenteuse constitue le mycélium, dont les filaments isolés sont généralement invisibles à l’œil nu. Le sporophore se présente souvent sous forme d'un pied (le stipe) portant un chapeau. D'autres silhouettes de sporophores sont bien connues : en forme de petits buissons comme les clavaires, de langues sur le tronc des arbres comme les fistulines, de coupes comme les pézizes, de sphères comme les vesses-de-loup, etc.

Étymologie et éléments d'histoire de la nomenclature

Agaricus arvensis.

Dans la langue commune, le terme « champignon » désigne un organisme vivant charnu, constitué généralement d'un pied surmonté d'un chapeau, à l'image du champignon de Paris ou du bolet. Le mot vient de l'ancien français du XIII siècle champignuel (par substitution du suffixe -on*) du bas latin campinolius « petits produits des campagnes » (dérivé en -ŏlu de campania).

De tous temps, les champignons ont attiré les hommes pour leurs propriétés comestibles ou hallucinogènes. Ils les ont aussi effrayés par leur toxicité. Les premières descriptions en langues européennes datent du Grec Théophraste (-371, -288) qui observe que les champignons (mykès) sortent des racines des chênes et que les Grecs savent les faire croître sur les fumiers. On trouve de nombreuses mentions chez les auteurs gréco-latins de divers fungus (mykès) : Nicandre rapporte les noms de champignons mortels de l'olivier, du grenadier et de l’yeuse, Pline l'Ancien et Dioscoride, décrivent l'agaricum (ou en grec agaricon, ἀγαρικ όν) et Athénée comme ses prédécesseurs, distingue les champignons, la truffe et le pezis. La classification des champignons parmi les plantes vient des Grecs et perdurera jusqu'au XX siècle.

Il faut attendre l'invention du microscope et son perfectionnement au XVII siècle pour découvrir les parties invisibles des champignons (nommées actuellement les "spores" et les "hyphes"), sans que l'on connaisse encore leurs rôles. Au siècle des Lumières, les premières cultures de laboratoire permettent au botaniste Italien Pier Antonio Micheli de décrire et dessiner les spores (qu'il appelle graines) de tous les grands groupes de champignons. Il est le premier à établir le cycle de développement partant de la spore, passant par le mycélium et donnant l'appareil reproducteur charnu (le sporophore). Mais comme ses contemporains, Michelli classe les champignons parmi les plantes et utilise les termes de graines, de fruits et même de fleurs pour désigner les parties qu'il dessine pourtant correctement (Nova plantarum genera (1729) Michelli). Linné ne sait que faire de ces êtres vivants qu'il classe comme Fungi dans les Cryptogamia regroupant « les plantes dont les noces ne sont pas publiques » (Species plantarum, 1753).

Les critères morphologiques externes font partie de ceux qui sont utilisés pour classer et reconnaitre les champignons (avec l'odeur, le goût..), des indicateurs colorés, etc.

La croyance en une génération spontanée a longtemps persisté même parmi les savants. Au cours des XVIIetXVIII siècles, les travaux sur la multiplication des champignons comme ceux de Micheli ou de Della Porta, Malpighi et Spallanzani ont eu beau réfuter cette croyance tenace, certains (comme le botaniste Medicus, directeur de l'université de Heidelberg) continuaient à penser que les champignons provenaient de la gelée issue de la décomposition des feuilles mortes.

Plusieurs mycologues sont considérés comme les pères de la classification mycologique moderne : Christiaan Hendrik Persoon qui publie deux volumes du Synopsis methodica fungorum en 1801, Elias Magnus Fries qui publie entre 1821 et 1832 les trois volumes de son Systema Mycologicum…, Lewis David von Schweinitz « père de la mycologie américaine » qui publie Synopsis Fungorum Carolinæ Superioris en 1822 et Miles Joseph Berkeley « père de la mycologie britannique » pour son apport dans la British Flora en 1836.

En 1827, J. J. Schilling décrit comment le mycélium naît de graines (samen) et comment il a suivi au microscope la germination d' Aspergillus niger. Schilling eut beau, lui aussi, publier des dessins soignés de ses observations, rien n'y fit : ceux qui considéraient les champignons comme le produit de la génération spontanée restaient toujours nombreux. On peut citer de grands noms des débuts de la mycologie comme Persoon, Rudolphi (1807), Link, Nees, Unger (1833) et même Naegeli (1842) et E.M. Fries. Pourtant ce fut ce même Elias Magnus Fries (1794-1878), surnommé le « Linné des champignons », qui donna la première classification systématique des champignons dans Systema mycologicum (1821-1832) et marqua ainsi le début de la mycologie moderne. Ce n'est qu'avec le développement de la théorie cellulaire et de la théorie de l'évolution, dans la seconde moitié du XIX siècle, que les botanistes cessent de croire dans la génération spontanée des champignons et qu'ils commencent à les détacher des plantes vasculaires. Ainsi, le botaniste autrichien Endlicher proposa de séparer le règne des Plantae en Cormophytes et Thallophytes ("plantes inférieures", non vascularisées), ces derniers regroupant les champignons, les algues et les lichens.

Jusqu'au milieu du XX siècle, les naturalistes classent les champignons parmi les plantes. En 1969 Robert H. Whittaker les individualise enfin dans un règne particulier, les Fungi, le botaniste proposant une division en cinq règnes : les procaryotes (ou bactéries, à cellules sans noyau), les protistes (eucaryotes unicellulaires), les végétaux Plantae (eucaryotes pluricellulaires photosynthétiques), les animaux Animalia (eucaryotes pluricellulaires hétérotrophes) et les champignons Fungi (eucaryotes pluricellulaires non-photosynthétiques). Les champignons avaient enfin leur règne et on aurait pu attendre un répit dans les remaniements incessants des siècles passés. La coupure avec les plantes et les animaux semblait bien établie mais c'était sans compter sur les avancées techniques dans le séquençage des gènes.

La comparaison des séquences de gènes permet de reconstruire l'histoire évolutive des êtres vivants en suivant les modifications de leur génome. Ces nouvelles méthodes de phylogénie moléculaire vont alors faire voler en éclats la division en cinq règnes : finie la division en procaryotes et eucaryotes, finie la division entre règne animal et règne végétal, finie l'unité des Fungi etc. L'évolution des eucaryotes a donné naissance à deux grandes lignées de champignons : les eumycètes ou « vrais champignons » et les pseudomycètes ou « pseudochampignons » (comme les mildious). Les vrais champignons sont de proches parents des animaux alors que les pseudochampignons sont plus proches des plantes. Les pseudochampignons Oomycètes (hétérotrophes filamenteux comme les mildious) qui par certains caractères semblent proches des vrais champignons (Eumycètes) ne sont pourtant pas monophylétiques avec ces derniers : leur ressemblance est le fruit d'une convergence évolutive car de leur ancêtre commun (le plus proche), descendent aussi d'autres lignées.

Après avoir considéré les champignons comme des plantes primitives ou dégénérées (des thallophytes cryptogames, Endlicher 1840), puis comme des organismes formant un règne à part (le règne fongique parmi les cinq règnes, Whittaker 1969) et actuellement en 2013, comme un ensemble artificiel, polyphylétique, d'organismes présentant des caractères communs par convergence évolutive, le progrès des connaissances va certainement continuer à nous obliger à toujours revoir et perfectionner les classifications. Les études phylogéniques se poursuivent toujours car la place de plusieurs groupes de champignons est encore incertaine.

Classifications

La classification des champignons relève de la mycologie. Elle évolue, notamment en raison des progrès de la génétique, y compris pour des organismes symbiotes (ex. : les lichens ont un temps été classés hors du monde fongique, et y ont récemment été réintroduits). Les listes et classifications sont donc régulièrement mises à jour. Deux classifications sont actuellement proposées: la classification classique et la classification phylogénétique.

Les champignons ont été considérés jusqu'au milieu du XX siècle comme des végétaux, en raison de leur immobilité et de la présence d'une paroi cellulaire épaissie, végétaux dits « cryptogames » car ne produisant pas de fleurs.

Champignons des bois

Mais les champignons constituent un règne à part car ils se différencient des plantes et des algues par plusieurs caractères :

Ils sont hétérotrophes vis-à-vis du carbone : leur incapacité à synthétiser des sucres à partir de simples ressources minérales les distingue fortement des végétaux qui eux sont autotrophes grâce à la chlorophylle et à la photosynthèse. Les champignons doivent extraire de leur environnement des composés organiques déjà constitués. Ils doivent « s'alimenter » comme le font les animaux, ce qu'ils font soit en décomposant de la matière morte (ils sont alors saprophytes), soit au détriment d'organismes vivants (ils sont alors parasites), soit en s'associant avec un organisme chlorophyllien (ils sont alors symbiotiques) ; Plusieurs de ces stratégies pouvant être combinées chez certaines espèces. Les recherches récentes sur l'évolution des espèces vivantes placent d'ailleurs la plupart des champignons plus près des animaux que des végétaux.

Ils sont absorbotrophes ;

Leur appareil végétatif est ramifié, diffus et tubulaire ;

Ils se reproduisent via des spores ;

Leur paroi cellulaire est chitineuse (comme l'exosquelette des arthropodes et des crustacés, ce qui est un exemple de convergence évolutive).

Le botaniste Robert H. Whittaker a donc logiquement créé pour les champignons, en 1969, le règne spécifique des Fungi (du latin littéraire fungus, le champignon) pour y placer ces êtres particuliers, non seulement ceux produisant des sporophores, mais également dans les définitions les plus larges qui ont pu exister toutes sortes d'organismes eucaryotes multicellulaires ni végétaux, ni animaux, comme les moisissures, les rouilles, le mildiou, les saprolègnes, etc. et même parfois unicellulaires comme les levures.

L'usage du mot champignon s'est alors étendu dans le langage commun à des formes biologiques très diverses. Ainsi le terme de champignon est utilisé parfois extensivement pour désigner aussi bien des agents responsables de dermatophytoses (types d'affections rencontrées fréquemment sous les ongles des pieds), les feutrages des oïdiums qui parasitent le feuillage des végétaux, l'ergot de seigle, des plasmodes coloniaux comme les fleurs de tan, les Penicillium du fromage de Roquefort, etc. À l'analyse, il s'avère que certains de ces « champignons inférieurs » sont effectivement apparentés de manière très proche aux champignons à sporophores, alors que d'autres appartiennent à des groupes très distants. Les définitions des différents taxons scientifiques ont alors été précisées, mais l'emploi élargi du mot champignon est resté.

Il y a de très nombreuses espèces de champignons, dont épiphytes, endogés ou aquatiques, et il en reste beaucoup à découvrir. Sur les 100 000 espèces de champignons répertoriées en 2015 (sur un nombre total estimé de cinq millions, voire de 10 millions d'espèces), « près de 10 000 produisent des fructifications à l'œil nu, un peu plus de 1 100 sont comestibles et consommés comme aliments, et environ 500 sont utilisés comme remèdes dans la médecine traditionnelle de tous les pays en développement ».

La classification des champignons a été totalement revue :

le sous-règne des Eumycota rassemble les Ascomycota, les Basidiomycota, les Zygomycota et les Chytridiomycota (les Deuteromycota, un groupe qui rassemblait les champignons sans stade de reproduction sexuelle connue, n'existe plus et ces champignons sont aujourd'hui pour la plupart classés parmi les Ascomycota). Ce sont des opisthokontes, comme les animaux dont ils sont phylogénétiquement les plus proches parents ;

les Microsporidia sont aussi des opisthokontes mais différentes des Eumycota ;

les Oomycota (dont le Mildiou), les Labyrinthulomycetes et les Hyphochytriomycetes sont des hétérokontés, plus proches de divers groupes d'unicellulaires et d'algues brunes que des autres champignons ;

les Mycetozoa (anciennement appelés : Mycétozoaires) sont classés dans les Amoebozoa.

Organisme

La fructification chez les Eumycètes, appelée précisément sporophore (organe portant les spores permettant d'accomplir le cycle de vie, terme aujourd'hui préféré à « carpophore ») est particulièrement développée pour certaines espèces, le reste de l'organisme appelé le mycélium étant souterrain et donc invisible. Certains Eumycètes disposent de sporophores en surface tandis que d'autres, par exemple ceux des truffes, sont souterrains.

Il existe cependant bien d'autres espèces appelées champignons, qu'elles soient uni- ou pluri-cellulaire, tels que les rouilles, les levures, les moisissures ou encore certains parasites de l'homme . Bien qu'ayant été par le passé regroupées au sein d'un même groupe, elles peuvent n'avoir que peu de rapport entre elles. Les actuels taxons des Fungi / Mycota, des Oomycota, des Hyphochytriomycota, des Labyrinthulomycota, et des Mycetozoa ont été classés ensemble dans le passé comme faisant partie du règne végétal du fait de la présence d'une paroi cellulaire, et de plusieurs similitudes entre leurs cycles de vie et ceux des algues avec lesquelles ils formaient les thallophytes. Les Mycetozoa, souvent décrits comme des champignons-animaux ou amiboïdes, n'ont en fait en commun qu'une ressemblance externe de leur appareil sporifère et sont assez proches des amibes. Des découvertes ont montré que les Oomycota n'étaient en revanche pas des champignons, mais plutôt des cousins des algues et des diatomées. C'est par exemple pour cela que les traitements antifongiques contre le mildiou n'ont jamais été efficaces.

Transporté dans les sciences naturelles, le mystère demeura en partie, comme le montrent les premières classifications botaniques qui les laissèrent longtemps placées dans les cryptogames ou végétaux à reproduction cachée, principalement en raison de la discrétion et de la complexité de leur mode de reproduction.

Exemples en images de différentes formes de champignons

Fungi - Basidiomycota, espèce Boletus chrysenteron (un Bolet)

Fungi - Basidiomycota, espèce Clavaria zollingeri (un clavaire)

Fungi - Basidiomycota, espèce Armillaria mellea

Fungi - Ascomycota, espèce Tuber melanosporum (une Truffe)

Fungi - Ascomycota, espèce Penicillium roqueforti

Fungi - Ascomycota, espèce Trichophyton rubrum (donne une mycose)

Fungi - Ascomycota, espèce Claviceps purpurea (donne l'ergotisme ou mal des ardents)

Fungi - Chytridiomycota, espèce Cladochytrium menyanthis

Chromalveolata - Oomycetes, espèce Phytophthora infestans (donne un mildiou)

Amoebozoa - Mycetozoa, espèce Fuligo septica

Basidiomycota - Meruliaceae, espèce Chondrostereum purpureum

Agaric des trottoirs perçant à travers le macadam en juin en région parisienne

Cueillette et législation

Cueillette de champignons

En France, la législation du champignon change suivant que celui-ci est cultivé ou accessible à l'état naturel, et dans ce dernier cas, suivant qu'il est forestier ou des champs, par exemple. En particulier, la cueillette des champignons forestiers est d'abord subordonnée à l'autorisation du propriétaire, car le champignon est un produit du sol, et donc propriété du propriétaire du sol. Ensuite, il peut y avoir des réglementations variant de département en département, au gré des arrêtés préfectoraux. De plus, des maires ont pu instituer des permis de ramassage des champignons et établir des taxations différentes suivant l'origine des cueilleurs, la légalité de telles pratiques étant douteuse. En outre, dans les communes où existent des "biens communaux", les permis peuvent être réservés aux habitants. Enfin des règles spéciales existent pour des raisons de santé publique pour certaines champignons. En pratique, en forêt publique relevant du Régime forestier, des tolérances sont admises par les représentants de l'ONF ; en forêt privée, il vaut mieux avoir l'autorisation du propriétaire (pour plus de détails, voir la bibliographie, droit du champignon forestier), car le code forestier réprime l'enlèvement des champignons.

Les champignons récoltés en forêt sont à considérer comme un produit forestier, autre que le bois pour l'évaluation des productions forestières de la FAO.

Symbolique et aspects culturels

Attitude ambivalente envers les champignons

L'utilisation des champignons remonte probablement aux temps les plus reculés. Ainsi Ötzi qui vivait au Chalcolithique (4 546 ± 15 ans BP) portait sur lui deux types de champignons, un morceau d'Amadouvier sur lequel étaient fixés des cristaux de marcassite (associé à un silex, il était utilisé pour la production du feu) et des morceaux de polypores du bouleau enfilés sur une lanière de cuir, à usage probablement médicinal (vermifuge).

Toutes les mythologies ont en commun de considérer les champignons comme étant les produits d'une réaction mystérieuse entre la terre humide et un élément surnaturel. Ainsi dans la mythologie nordique, le premier homme Odin chevauche Sleipnir dans une forêt ou dans le ciel par des nuits orageuses, poursuivi par des démons. Des gouttes d'écume ensanglantée tombant de la bouche de son cheval Sleipnir donnent naissance à l'amanite tue-mouches dont la poussée est stimulée par la foudre.

Les différentes dénominations des champignons rappellent leur rôle néfaste. Sénèque les appelle voluptuarium venenum, « poison voluptueux », et Pline anceps cibus, « mets suspect ». Encore appelés Mycètes ou Fungi, ils ont une étymologie en lien avec leur rôle funeste. Mycète vient du grec mykes, « mucus » apparenté à de la moisissure et pourriture. Une étymologie populaire de Fungi en fait la contraction du latin funus, « funérailles » et d'ago, « produire », rappelant les nombreux décès provoqués par les champignons. Ainsi selon Pline, la quatrième femme de l'empereur romain Claude aurait empoisonné son mari en remplaçant son mets favori, l'Amanite des Césars, par l'Amanite phalloïde, champignon probablement responsable aussi de la mort de l’empereur du Saint-Empire Romain Germanique Charles VI.

Au Moyen Âge, les champignons sont classés au plus bas de l'« échelle des êtres ». À l'exception des champignons comestibles (moins de 0,1 % de l'ensemble des espèces fongiques), ils sont associés à la mort et la putréfaction, considérés comme pervers (forme du pied de champignons phalliques. Considérés comme des « excréments de la terre », diaboliques et démoniaques, les adeptes de la magie noire les utilisent dans leurs élixirs. Selon la théorie enthéogène des religions, certains champignons hallucinogènes sont à l'origine du phénomène magique et religieux : sorciers, chamanes et autres grands prêtres de différentes ethnies, souvent très éloignées géographiquement les unes des autres, utilisent ces substances sacrées accompagnant le surgissement des civilisations (tels les chamanes Paléo-Sibériens avec l'Amanita muscaria, ou le língzhī, « champignon divin » de la Chine). Il est ainsi possible que les autorités religieuses du Moyen Âge aient fait du champignon un élément chtonien maléfique pour empêcher la diffusion de ce savoir millénaire chamanique devenu ésotérique. Les épidémies de mal des ardents qui s'abattent sur des régions au Moyen Age, tuent des dizaines de milliers de personnes et provoquent des ravages jusqu'au XVII siècle.

En Asie, le champignon est symbole de longévité, par exemple, pour les Coréens le champignon magique est l'un des dix symboles de longévité et aussi un symbole de fertilité. Dans la peinture chinoise c'est le cerf qui apporte le champignon, tous deux sont des symboles de longue vie, la croyance chinoise voulant que le cerf vive très vieux et soit donc le seul animal capable de trouver le champignon sacré de l’immortalité.

« Autant de sons nés du même instrument, autant de champignons nés d'une même humidité. » Ainsi Zhuangzi explique-t-il que les êtres sont l'émanation fugitive d'une seule et même essence.

En Pologne, consommer des champignons à Noël facilitait les contacts avec les morts.

En héraldique le champignon est également le symbole de la fertilité ainsi que de la puissance sexuelle.

Champignons géants

La rapidité de croissance des champignons fascine. Ils sont présents dans l'imagerie populaire sous forme de champignons géants, thème qui intéressent encore les journalistes : en juillet 2006 sur l'île taïwanaise de Taitung on aurait découvert deux champignons plats de 60 cm de diamètre et pesant chacun environ 20 kg. En juillet 2007 un champignon géant de plus de 70 cm de haut et pesant plus de 20 kg aurait été découvert au Mexique, dans la forêt de Tapachula (Chiapas), à la frontière du Guatemala.

L'armillaire d'Ostoya (Armillaria ostoyae) est particulièrement connu pour détenir le titre du plus grand organisme vivant, un individu couvrant une surface de 8,9 km ayant été trouvé en Oregon, dans l'ouest des États-Unis.

Termitomyces titanicus (en) est le plus grand champignon comestible sur terre avec un « chapeau » atteignant un diamètre d'un mètre.

Dans son roman Voyage au centre de la Terre, Jules Verne évoque une forêt de champignons géants. Dans la bande dessinée L'Étoile mystérieuse, le héros Tintin est confronté à des champignons géants à la croissance instantanée. On retrouve le même thème dans le jeu de société pour enfants Spirou et les champignons géants.

Dans l'art

Dans Le Chariot de foin de Jérôme Bosch, un bolet Satan géant garde l'entrée de la grotte du diable.

Alice in Wonderland, sculpture par Jose de Creeftin dans Central Park, New York.

L'artiste chrétien médiéval représente rarement les champignons, considérés comme maléfiques, si ce n'est pour évoquer leur symbolisme démoniaque. Un bolet à pied rouge et une amanite tue-mouches figurent au centre du triptyque Le Jardin des délices de Jérôme Bosch. Tout comme dans les aventures d'Alice au pays des merveilles, le champignon évoquerait plutôt les effets hallucinogènes de certains champignons, dits magiques, modifiant la perception de la réalité.

Les artistes contemporains s'intéressent eux aussi aux champignons, fascinants parce qu'ils poussent dans la pourriture et prolifèrent sur des organismes morts.

Par exemple un artiste comme Michel Blazy travaille, entre autres, sur les moisissures et pourrissements microscopiques générés par les altérations biologiques sur des installations éphémères. La prolifération incontrôlée de micro-organismes dont les transformations et changements d’état sont autant de moments nécessaires à l’activation de ce type d'œuvre et à son développement, au sens propre du terme.

BD

Les Schtroumpfs de Peyo habitent dans un village fait de maisons champignons. Dans les aventures de Spirou le comte de Champignac extrait des champignons des produits aux propriétés étonnantes.

Expressions francophones

Pousser comme un champignon : grandir très vite ;

Une ville champignon : une ville nouvelle qui s'est développée très rapidement, à l'instar des sporophores ;

Appuyer sur le champignon : accélérer en actionnant la pédale d'accélérateur d'un véhicule à moteur ;

Un champignon atomique : nuage formé lors d'une explosion nucléaire ;

Né comme un champignon : (ironique) né apparemment de nulle part, comme un champignon, c'est-à-dire de père inconnu ;

Un accessoire de type "butée de porte" s'appelle un champignon ;

les butées mécaniques qui renvoient la boule au flipper sont les bumpers ou champignons en français.

Calendrier républicain

Dans le calendrier républicain, le Champignon était le nom attribué au 8 jour du mois de floréal.

En médecine

Certains champignons microscopiques sont responsables de pathologies humaines infectieuses.

Certains champignons peuvent également se révéler pathogènes d'un point de vue toxique en cas d'ingestion.

En France, il est conseillé de consulter son pharmacien pour la vérification de son panier.

En écologie

Plusieurs espèces de champignon sont utilisées pour épurer un milieu (eau, air, sol) ou un substrat de culture d'un ou plusieurs polluants ou éléments chimiques indésirables

Principe écologique du parasitisme des arbres par les champignons

Type de parasite fongique des arbres

Il existe principalement deux grandes catégories de champignons parasitant les arbres, soit les champignons saprophytes qui se nourrissent d’arbres en décomposition et les champignons lignivores qui se nourrissent de matière organique vivante, c'est-à-dire la cellulose et la lignine des arbres

Impact écologique des champignons lignivores

Ces champignons sont des parasites véritables des arbres, puisqu'ils s'attaquent à de la matière végétale vivante causant leur dépérissement jusqu'à leur mort après quelques années dans certains cas, selon la virulence du champignon en question.

Le parasitisme par les champignons se produit quelquefois en réponse à un stress important que l’arbre a subi. Par exemple : le bris d'une branche, l'écorce détériorée par les mammifères s'en nourrissant et même un accident de voiture ayant partiellement altéré son écorce. Ainsi, l'arbre ayant perdu sa couche de protection externe est exposée à plusieurs parasites dont les spores des champignons. De plus, dans ces cas, l'impact écologique sur l’abondance d’une espèce d’arbre dans nos forêts est souvent minime, puisque le phénomène se produit à petite échelle, à l’exception de tous les phénomènes naturels causant des stress beaucoup plus importants. Il faut noter qu’une perte en matière végétale vivante (arbre dans ce cas) ne peut qu’être bénéfique pour les organismes décomposeurs qui ont besoin de cette matière morte afin d’assurer leur survie et le maintien des réseaux trophique de l’écosystème.

Par contre, certains champignons n’ont pas besoin de profiter de ces altérations majeures. Effectivement, les champignons ayant pour hôte une famille ou espèce d’arbres en particulier réussiront à trouver une petite faille dans la défense de ceux-ci et pourront, par un simple contact, le parasiter et causer sa mort à court ou long terme. Ainsi, un champignon pourrait avoir comme hôte primaire, par exemple, un insecte, qui lui permettra de passer à travers la barrière végétale d’un arbre et d’y implanter ledit parasite mycologique. C'est ce type de champignon qui aura un plus grand impact sur la diversité forestière, surtout si aucune mesure de protection n’est prise et que l’espèce de champignon est une espèce exotique, c’est-à-dire qu’elle s’est répandue dans une région ou sur un continent où elle n’était pas présente auparavant.

D'un point de vue écologique, une espèce envahissante va créer un déséquilibre naturel dans les écosystèmes déjà en place dans une région donnée. Ainsi, une espèce de champignon envahissante fera compétition à d’autres espèces animales et végétales, dites indigène, afin d’obtenir des ressources nécessaires pour assurer sa survie, ce qui finira par dégrader l’habitat de plusieurs autres espèces, altérer les ressources en eau et minéraux disponibles et même causer la quasi-disparition d’espèces locales qui n’auront pas pu compétitionner avec la nouvelle espèce. On peut nommer comme exemple la maladie hollandaise de l’orme.

香蘑属水粉杯伞（Lepista nebularis），由图可知子实体由菌伞和菌柄所组成

蕈类（注音：ㄒㄩㄣˋㄌㄟˋ；拼音：xùn lèi）是大型、高等的真菌，子实体通常肉眼可见。菌丝具横隔壁，将菌丝分隔成多细胞。通称蘑菇、菇类。

又蘑菇一词通常是对蘑菇属（Agaricus）部分食用菌的总称，常见的包括双孢蘑菇（Agaricus bisporus）、大肥菇（Agaricus bitorquis）、蘑菇（Agaricus campestris）等。一般栽培的蘑菇是指双孢蘑菇。此外，蘑菇也是对真菌有性生殖阶段的真菌子实体的俗称。

分类

子囊菌门：子囊孢子是这类真菌的有性生殖之孢子，因为这类真菌的孢子是在子囊中产生，所以称为子囊孢子。日常生活中熟知的酵母菌、羊肚菌、冬虫夏草及真菌与藻类共生的地衣…等等，都是这一类的真菌。

担子菌门：这类真菌在子实层中会产生有性生殖之担子柄及担孢子，日常生活中所熟悉的食用真菌及药用真菌多属这一类，如香菇、木耳、灵芝、金针菇，而食用的筊白笋亦是担子菌的菇黑穗菌感染菇草后，刺激菇草的茎基部澎大，变形成我们食用的筊白笋。另外与微管束植物形成共生关系的外生菌根菌亦是担子菌的成员。

接合菌门：此一类的真菌的主要特征是菌丝体不具隔板，无性生殖的分生孢子位于菌丝末端之孢子囊，有性生殖会产生接合孢子。常见的如面包霉、水玉霉，会与植物产生共生关系的内生菌根菌都是这一类的真菌。

褶菌类：有菌褶，如香菇。

非褶菌类：无菌褶，如灵芝。

腹菌类：子实层包裹在蕈体内，如鬼笔。

胶质菌类：担子柄分隔，如木耳。

子囊菌类：孢子生长在子囊内，如冬虫夏草。

繁殖

菇类通常行孢子生殖；孢子萌发后，其产生的菌丝是有横隔壁的单核菌丝。正、负交配型的单核菌丝相遇后，经接合成为双核菌丝，然后才发育成为菇类的子实体。 子实体由菌伞和菌柄所组成。菌伞的腹面具有菌褶，成熟时经减数分裂可产生孢子。

应用

许多菇类具有医疗价值，如灵芝、云芝、桑黄、茯苓及冬虫夏草等。药用真菌如灵芝、樟芝等多富含多糖体及三萜类化合物；在传统医学的观点，认为有解毒、活血、增强免疫力、消炎、抗癌、延年益寿等功效，至于实际的功效仍需要进一步的研究。 一些菇类也可被当作食品，如香菇、洋菇、金针菇、松茸、松露和木耳等。

毒菇

以前认为是食用菇，现在被认定有毒的贝形圆孢侧耳 相对于食用菇，也有许多对人类有害的毒菇；已知的如：有致命毒性的鳞柄白毒鹅膏菌、毒鹅膏、苞脚鹅膏菌、拟稀褶红菇、火焰茸，会造成神经系统异常的豹斑毒伞、毒蝇伞、橘黄裸伞，会影响肠胃消化系统的褐黑口蘑、毒粉褶菌等。 毒菌会造成许多的中毒症状：食用造成呕吐、腹痛、下痢、痉挛、昏睡、幻觉等，最严重时可能导致死亡。也有过一段时间后会造成身体麻痹的。还有食用前后一段时间内有饮用酒类就会造成中毒的品种。 没有经验者自行摘采野生的菇类来食用是非常危险的行为，目前并没有简单的方法可以直接判定蕈类是否可食。毒菇中有许多品种与食用菇非常相像。也有毒性虽然弱但仍会造成严重症状者（例如日本亮耳菌这种弱毒性的品种，也有造成死亡的案例）。自然界中仍有许多仍未有研究的蕈类存在，且没有毒性的品种在不同的地方也可能产生毒性，或是以往研究不充分而认为是食用蕈、近年才发现有毒（如贝形圆孢侧耳）。 某些原食用菇的人工培植地弃置后，也可能另外生长出其他品种、甚至是有毒的菇类。 辨识方法 毒菇不一定色彩鲜艳（纹缘盔孢伞） 毒菇并没有非常确切的辨识方法。 「会裂开的菇就是食用菇」、「毒菇的颜色都很鲜艳所以颜色不显眼、味道不错的菇类就可以吃」、「不会让银器变色的就可以吃」、「被虫吃过的菇就可以吃」、「泡盐水或加盐煮过就可以去掉毒素」等，都是没有根据的说法，绝对不能当作实际的判断根据。例如毒性极高的红褐杯伞就颜色不显眼、常裂开来。它有毒，所以要小心！ 要确认是否可食、有没有毒，除了根据菇类的品种外，还要考虑生长的地区。不过，实际上多数菇类中毒案例都是将已知的有毒品种错认为无毒种而造成，事先若能做过确认大多都能避免。