L'asepsie consiste à empêcher la contamination d'une zone ou d'une surface par des micro-organismes étrangers (bactéries, parasites...). Ce concept émerge de la théorie de Pasteur selon laquelle les micro-organismes existent dans l'environnement, les poussières, l'air, le sol, pouvant entraîner des maladies infectieuses lorsqu'ils contaminent le corps humain.

C'est grâce aux travaux de Louis Pasteur qu'émergent les notions de stérilité et d'asepsie, véritable révolution au niveau de la chirurgie.

L'asepsie est le résultat de la naissance de l'idée que chaque personne porteuse d'un germe pathogène est capable de le transmettre à une autre personne.

Pour prouver cela, Pasteur a fabriqué un ballon à col de cygne, c'est-à-dire un ballon ouvert dont le col est recourbé, au fond duquel se trouve un milieu de culture. L'air parvenant sur le milieu de culture est plus pur que l'air ambiant, car les germes se déposent sur le verre à l'entrée du col de cygne. Le milieu de culture au fond du ballon ne sera ainsi jamais contaminé. Il a baladé ces ballons un peu partout dans le monde et a prouvé que l'air était plus ou moins pur à certains endroits. Il a prouvé par la même occasion que l'atmosphère peut être plus ou moins contaminée ou pure en fonction de l'altitude et de la pollution.

Il s'agit d'une méthode préventive qui correspond à l’ensemble des mesures propres à empêcher tout apport exogène de micro-organisme. Par exemple, ce peut être la stérilisation du matériel introduit dans un site opératoire visant l'absence de contamination microbiologique.

Elle a notamment été prônée et pratiquée avec succès dès 1862 par Eugène Koeberlé, avant même l'époque de l'antisepsie de Lister.

Contrairement à l'antisepsie, elle peut préserver la flore endémique.

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