Ontologie est un terme d'origine philosophique qui peut désigner :

Philosophie

ontologie, branche de la métaphysique concernant l'étude de l'être.

Les philosophes classent les ontologies de diverses façons à l'aide de critères tels que le degré d'abstraction et son champ d'application:

Upper ontology (en) : c'est un concept qui soutient le développement d'une ontologie de base sur laquelle toutes les ontologies pourraient s'appuyer.

Ontologie de domaine : ce type d'ontologie, le plus souvent rencontré, a pour but de décrire un domaine particulier ou qui répond à des objectifs particuliers, par exemple dans les technologies de l'information, les langages naturels ou les domaines scientifiques.

Ontologie d'interface : ce type d'ontologie vise à relier des ontologies de domaine.

Ontologie de processus : ce type d'ontologie vise à décrire les processus à travers les entrées, les sorties, les contraintes à travers le temps, par exemple pour décrire les mouvements financiers, les réactions physiques, les réactions cognitives, etc.

Ontologie de domaine

Médecine

ontologie médicale, domaine qui s'intéresse à la genèse des maladies.

Informatique

ontologie, système de représentation des connaissances, par exemple l'ontologie géopolitique.

Ontologie physique

L’"étude de l'être réel" est également abordée par la physique; on parle alors d’ontologie physique pour souligner la perspective particulière qui est prise dans ce cadre. La mécanique quantique, en particulier, nécessite de remettre profondément en question certaines idées courantes de nature ontologique qui ne s'appliquent plus au niveau du monde microscopique. Michel Bitbol parle à ce sujet de nouvelles ontologies en cours de développement :

« Selon Kuhn, changer de paradigme scientifique c'est aussi changer de monde. [...] Changer de monde, dans l'acception la plus ambitieuse de cette expression, ce n'est pas seulement modifier l'emplacement, le rapport mutuel et le cadre légal des objets qui le peuplent. C'est aussi et surtout refondre les objets eux-mêmes ; c'est aller jusqu'à altérer le découpage de ce qui arrive en une multitude d'entités stables porteuses de déterminations. C'est en somme changer d'ontologie. »

— Michel Bitbol,Mécanique quantique, une introduction philosophique, p. 365

Le premier concept remis en question est celui de propriété : alors que les objets macroscopiques qui nous environnent semblent pouvoir être caractérisés par des grandeurs physiques existant de manière absolue (position, vitesse...), la mécanique quantique est contextualiste, c'est-à-dire que l'existence des propriétés physiques n'est garantie que lorsque l'on précise un contexte expérimental permettant de les mesurer. Par exemple, en vertu des relations d'incertitude de Heisenberg, si le contexte expérimental permet une mesure précise de la position, il est tout à fait inapproprié de parler de sa vitesse ou de faire comme si le système en avait une. Cet aspect de la mécanique quantique est la source des débats entre Bohr et Einstein, la philosophie réaliste de ce dernier ne pouvant s’accommoder de la disparition de ce qu’il appelait des éléments de réalité.

Le deuxième concept remis en question est celui de séparabilité : deux objets ayant interagi peuvent être intriqués ; ils doivent alors être pensés comme un tout, et leurs états ne peuvent être décrits séparément. En particulier, on observe des corrélations entre les mesures effectuées sur un objet et celles réalisées sur l'autre objet, comme un lien entre eux malgré la distance qui les sépare. En mécanique quantique, on explique ces corrélations en disant que le système global est formé par les deux objets pris comme un tout indissociable.

Le troisième concept remis en question est celui d'individualité : même sans être intriquées, deux particules fondamentales sont intrinsèquement indiscernables l'une de l'autre, de sorte que l'on ne peut parler de l'électron n⁰1 ou de l'électron n⁰2, mais d'un système composé de deux électrons.

Globalement, la physique quantique fragilise le concept d'objet, ou de système physique. Par exemple, une particule est vue en théorie quantique des champs non comme un objet fondamental, mais comme l'un des multiples états possibles d'un champ, voire comme un état excité du vide quantique. La question de savoir pourquoi le monde macroscopique qui nous entoure ne ressemble pas à sa contrepartie microscopique n'est pas encore complètement tranchée, et fait partie des problèmes d'interprétation de la mécanique quantique. En parallèle à l'interprétation de Copenhague, la plus utilisée en pratique, selon laquelle le monde est divisé en une partie macroscopique "classique" et une partie microscopique "quantique", l'approche conceptuelle de la décohérence quantique tente de faire émerger la phénoménologie qui nous est familière à partir des principes de la mécanique quantique.

本体论（英语：Ontology），又译存在论、存有论，它是形而上学的一个基本分支，本体论主要探讨存有本身，即一切现实事物的基本特征。

有的哲学家，如柏拉图学派认为：任何一个名词都对应着一个实际存在；另外一些哲学家则主张有一些名词并不代表存在的实体，而只代表一种集合的概念，包括事物或事件，也有抽象的，由人类思维产生的事物。例如“社团”就代表一群具有同一性质的人组成的集合；“几何”就代表一种特殊知识的集合等。

本体论就是「研究到底哪些名词代表真实的存在实体，哪些名词只是代表一种概念」。所以本体论成为某些哲学分支的基础。近年来，人工智能及信息技术相关领域的学者也开始将本体论的观念用在知识表达上，即借由本体论中的基本元素：概念及概念间的关连，作为描述真实世界的知识模型。针对此一趋势，W3C组织也开始定义了许多本体论的相关语言，如RDF、DAML+OIL、OWL等。

字源

英语：Ontology源自希腊语单词ον（存有）和λόγος（逻各斯，科学、研究、理论）的组合。 1870年代，日本学者西周将它汉译为理体学，之后又出现了实体学、本体论、实有论、存在论等译名。之后这些译名传入中国。1930年代之后，日本学界通常使用存在论这个译名。

基本问题

存有是什幺？

物质物体是什幺？

物体的基本属性是什幺？

用什么区别确定一个物体？

「物质物体存在」的基本定义是什么？

物体的特性是什么？

存在的特性是什么？

什么时候物体不再存在？并不仅仅是变化。

为什么物体可以相对于虚无存在？

本体论历史

本体论最早可推朔到古希腊的柏拉图和亚里士多德，亚里士多德曾经定义存在论为“研究物体的存在的科学”。具体地说是研究物体的分类，也就是说：在什么情况下，一个物体可以被定义为“存在”。比如包括“普遍”的问题和“具体”的问题。 笛卡尔在《第一哲学沉思集》一书正文后附录的“笔者对第二组反驳的答复”最后一部分中对“本体”的定义是： “ 一件东西，以它为主体直接寄托着、或者以它为依靠存在着某种我们理会到的东西，即我们心里有实在观念的某种特性、性质或属性，就是本体。因为严格来说，我们对于本体没有别的观念，只认为它是这样一个东西，其中形式地或卓越地存在着我们所理会地东西，即客观地在我们的某个观念里面的东西，因为天然的光亮告诉我们，无是不能有任何实在的属性的。 ”

观念，物体，联系

关于存有可以提出许多问题：“存在是什幺？”“什幺于存在？”“我是什么？”等，对于本体论来说，最基本的是找出物体是什幺、观念是什幺以及它们之间的联系。启蒙时代笛卡儿提出的“我思故我在”开启了本体论基本问题的先例，但笛卡儿并没有深入研究，也认为没有深入研究的必要，后来的神学家们也认为：“究竟是谁可以将这句话普遍应用到一切事物中？当然只有上帝。” 但到了20世纪，当数理哲学、科学哲学和基本粒子物理学的新发现，将以前许多物质的所谓界限都打破了，人们不再满足于神学的说法。

实体和环境

在20世纪各个不同时期存在着形而上学的主观主义学派、客观主义学派、相对论学派等不同流派，后现代主义的实体哲学家们力图通过在不同环境下的哲学行动来重新定义上述的各个问题，主要依赖于生物学、生态学和认知科学的最新研究成果，了解动物在自然和人工提供的环境中的认知情况。 命题相对于不同环境的变化，使得存在更难定义。如果人们说：“A是B”，“A必定是B”或“A曾经是B”究竟有什么含义？有的哲学家主张去掉英语中的“是”一词，改用以免造成容易混淆的抽象含义；另一些哲学家力图了解词汇中的深层含义和使用方式；马丁·海德格尔想区分开“存在”和“物体”的意义。

存在

存在主义者认为“存在”是最基本的概念，好多事物都可以说“是”，动词“是”有许多种用法，因此是易于混淆的，所以有许多种存在。 通俗地讲，“存在”即是事物固有的属性集合，人们可能用不同的词汇、不同的语句、甚至是不同的语言来描述同一事物，但该事物不会因为人们的不同描述而改变。信息工程中，经常研究词汇之间的相关性，就是要找出人们对同一事物的不同描述，或者从含有相关词汇的语句中，找出他们共同描述的事物。