Dans la mythologie grecque, Protée est une divinité marine. Le protée est un amphibien urodèle de la famille des protéidés. Le protée est un papillon de la famille des Lycaenidae, également appelé « azuré des mouillères ». Protée est un satellite de Neptune. Protée est une pièce de théâtre de Paul Claudel. Le Protée est un sous-marin français, de la classe 1 500 tonnes, ayant fait partie de la force X et coulé en décembre 1943 près de Marseille. Protée est un tracteur à vapeur (« remorqueur à chaudière ») de l'ingénieur allemand Charles Dietz qui tracta des diligences en banlieue parisienne au milieu du XIX siècle.
Le syndrome de Protée est une maladie génétique extrêmement rare.